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有关澳门特别行政区法院的司法审查权问题，应当区分两个层面来探讨：宪法层面的司法审查权、行政法层面的司法审查权。宪法层面的司法审查权在澳门特别行政区是指澳门法院对于特别行政区的法律、行政法规和有关行政行为是否符合基本法而进行审查的权力。此种司法审查权以基本法是在澳门直接实施的规范性法律文件中，具有相对最高的法律地位和相对最高的法律效力为其逻辑起点。其它澳门法律、行政法规依据基本法制定，不得与基本法相抵触，凡是与基本法相抵触的法律不得具有法律效力。行政法上的司法审查权是指法院在审理案件的时候对行政主体的行政行为（包括具体行政行为和抽象行政行为）是否合法进行审查的权力。由于基本法上的很多司法审查案件是在行政诉讼中进行的，行政法上的司法审查权的行使在特定案件中与基本法上的司法审查权的行使过程可以是同一的。但是，基本法上的司法审查权与行政法上的司法审查权在权力的性质和法律价值上是不同的。司法审查主体在行使基本法上的司法审查权的时候，所判断的是审查客体违反或符合基本法的问题:而在行使行政法上的司法审查权的时候，所判断的是审查客体违反或符合低于基本法的规范性法律文件的问题。
澳门法院在行政法层面的司法审查权不仅在葡澳统治时期存在，而且不违反基本法和「一国两制」原则，可以并已经在澳门回归后得到延续和发展。但是，澳门法院是否拥有宪法层面的司法审查权，确实存在较大争议。
有关澳门法院是否拥有基本法审查权的问题，截至目前主要有三种观点。
第一种观点不承认澳门特别行政区法院有基本法审查权。这种观点认为，在澳门基本法的原意中没有司法审查权。港澳两个基本法的第11条是说明基本法的法律地位，基本法和宪法的关系。在起草《香港基本法》的过程中，因争论宪法是否适用于香港，如何理解基本法的地位而专门加上了这一条的相关内容，在起草澳门基本法时，因这一问题对港澳同时存在，所以也规定了相同的内容，不能说这一条是法院行使司法审查权的法律依据。这不是当时的立法原意。基本法明文规定审查法律是否违背基本法，根据基本法第17条、第145条的规定属于全国人大常委会，而不是别的机关。基本法第143条只规定法院解释法律，而不是司法审查。澳门回归前，澳门的法院也无违宪审查权，这项权力被葡萄牙中央政权所保留，这也是澳门基本法第19条所规定的「澳门原有法律制度和原则对法院审判权所作的限制」。依据澳门基本法第19条、第83条规定，澳门法院只是依据法律进行审判，而无权修改法律、废除法律，宣布法律无效。如果法院认为与案件相关的澳门法律抵触基本法，可以不予适用，但不应由法院对该法律是否符合基本法直接作出判决。反对澳门法院拥有基本法审查权的观点还认为，全国人大常委会可以有条件、有限制地授权澳门法院解释基本法，但所授予的释法权不等于就是基本法审查权。释法权与基本法审查权是两种不同的权力，把两种权力概念混为一谈，把释法权引伸为基本法审查权，是法院不符合基本法的自我扩权。现在澳门法院所努力构建的基本法审查权的司法管辖权，其实质是利用对基本法的解释权，宣布行政长宫发布的某些行政法规、行政命令以及澳门立法会制订的某些法律因抵触基本法而无效，只是避免锋芒直接指向最高权力机关。法院宣布澳门特别行政区法律违反基本法，与中央对立法机关及行政长宫授权存在抵触，可能涉及侵害全国人大常委会对备案的特区法律的审查权。
第二种观点认为澳门特别行政区法院应当有基本法审查权。支持澳门法院拥有基本法审查权的观点认为，回归前澳门法院就拥有违宪审查权，葡萄牙宪法第278条规定，共和国总统和部长们可以请求宪法法院对立法条文的合宪性进行初步审查。但是，根据葡萄牙宪法第280条，法院也有受理针对下级法院的上诉案件的管辖权，当然，这些案件的判决必须涉及拒绝适用违宪的法律规范或适用了合宪性在诉讼程序中受到质疑的法条。在后者条件下，宪法法院扮演了上诉法院的角色，诉讼程序仅在一方当事人主动提起针对下级法院的上诉之后启动。按照葡萄牙宪法第281条，葡萄牙违宪审查制度是二元的。而澳门法院的违宪审查权正是在具体案件适用法律的合宪性审查的意义上存在的。根据葡萄牙宪法第207条「对正在审判的诉讼，法院不得适用违反宪法规定的法律规范，或违反宪法中原则的法律规范」的规定，任何法院都有权拒绝适用不符合宪法的法律。实际上，真正将葡萄牙宪法法院的权限转给澳门本地法院行使的法律规范不是第20/99/M号法令而是第118-A/99号共和国总统令。澳门本地法院根据第118-A/99号共和国总统令拥有原是葡萄牙宪法法院专属的权限，但该总统令没有具体规定由澳门本地法院那些机构行使权力，第20/99/M号法令的内容就是针对此事进行规定，将澳门本地法院被赋予的各项权限分配给高等法院全会和各分庭行使。所以该法令只是分配权力如何运作，而不是将葡萄牙宪法法院的权限转给澳门本地的高等法院来行使。虽然第118-A/99号共和国总统令在下放终审权给澳门法院时留了一手，将澳门组织章程第11条第1款e项、第30条第l款a项及第40条第4款的事项保留给葡萄牙宪法法院。但是，这些条文只是规定，澳门总督和澳门立法会彼此之间认为对方制定的规范性法律文件违反宪法或者澳门组织章程时，只能向宪法法院提出诉讼，这一限制是针对抽象性违宪审查的限制，不是对普通当事人在诉讼中提出违宪审查请求的限制，宪法法院以外的法院的违宪审查权没有受第118-A/99号总统令的影响。而且葡萄牙宪法第207条的规定在第17/92/M号法令第3条中被再度重申，葡萄牙任何一所法院根据共和国宪法都拥有质疑法律是否符合宪法的规定，从而拒绝适用违宪法律的权力，回归前的澳门法院也是一样，回归前的澳门法院行使违宪审查权的判决书，例如，第306号合议庭裁判诉讼案以及第582号合议庭裁判诉讼案，可以作为回归前的澳门法院行使违宪审查权的案例。《澳门组织章程》没有将「获授与权限在法院内部之间进行分配」保留子葡萄牙主权机关，所以根据《澳门组织章程》第13条，澳门对此应可进行立法，亦即制定第20/99/M号法令的程序合法性不存在疑问。直至回归之日为止，第20/99/M号法令的有效性一直都未受各界质疑，葡萄牙总统或者国会亦一直没有予以否认或废除，该法令是否被采用为澳门特别行政区法律，与澳葡时期的「澳门原有法律制度和原则对法院审判权所作的限制」并无关系。澳门特别行政区法院的基本法审查权可以理解为葡萄牙统治时代的澳门法院根据葡萄牙宪制所能行使的违宪审查权的延续，更贴切的说法应是以往殖民地法院的违宪审查权的进一步发展和延伸，因为基本法所产生的违宪审查空间比以前葡萄牙宪制所容许的空间远为阔大高深。
回归后的澳门法院也认为自己拥有违宪审查权，澳门终审法院在终审法院第28/2006号判决书中确定法院除澳门基本法第143条规定的情况外都拥有违宪审查权：「《基本法》中也没有任何条款具体地明示赋予法院对那些位阶较低的、载于法律、行政法规或其它规范性文件中的违反《基本法》的法律规范作出审理的可能。然而，法院的这项权力来自于对《基本法》中的多项规范的联合解释。如果法院在审理案件中可以解释《基本法》，肯定可以得出某些法律规定或行政法规违反《基本法》的结论，在此情况下，必须执行《基本法》第十一条中的规定：因此，不能适用那些违反《基本法》规定或其中规定的原则的那些法规，但该法第一四三条规定除外」。「而《基本法》没有设立任何机制，尤其是政治性的机制去解决在司法诉讼中出现的、《基本法》与载于其它生效法规中的法律规范的可能冲突的问题，因此不得不得出由法院在交付其审理的具体个案中，审理这些问题的结论」。「如适用于某一个案的两个法律相抵触，法官应选择位阶高的法律（等于宪法性法律），同时拒绝、不适用低位阶的法律」。
第三种观点认为，基本法审查权问题在制定基本法时没有引起足够的重视，因此，澳门基本法没有明确规定特别行政区的基本法审查制度问题，更没有明确特别行政区法院可否行使基本法审查权（司法审查权）。不过，既然基本法第11条规定「澳门特别行政区立法机关制定的任何法律，均不得同本法相抵触」，这就说明基本法是特别行政区的最高法律规范，在特别行政区具有真正的凌驾地位和最高法律效力，特别行政区的立法不得违反基本法。这就为建立特别行政区的基本法审查机制提供了宪法性基础，因为必须要有一个机构来判断特别行政区的立法有无违反基本法，而这就是广义上的违宪审查。从各方面来看，澳门特别行政区的法院在澳门回归后应该继续享有违宪审查权，特别行政区法院行使违宪审查权可以找到一定的基本法依据。但是，澳门特别行政区法院无权审查全国人大和全国人大常委会通过的全国性法律是否违反基本法，全国人大常委会也无权对澳门特别行政区法院的判决进行违宪审查。如果内地对特别行政区法院的有关判决的合法性不认同，可以寻求全国人大常委会解释基本法甚至通过法定程序修改基本法，但是不能代替特别行政区法院来审理案件。
在葡萄牙管治澳门的绝大多数时间内，澳门法院并无完全及专属的审判权。《澳门组织章程》规定，共和国总统在听取国务委员会及共和国政府的意见后，有权决定澳门法院何时被授予完全及专属的审判权。而根据澳门回归前的葡萄牙第112/9l号法律即《澳门司法组织纲要法》的规定，「依据澳门组织章程第七十五条规定，自赋予当地法院完全及专属之审判权时起，按本法律规定，现仍维持予最高法院、宪法法院、最高行政法院及审计法院之权限，应归于澳门高等法院」。
然而，在澳门回归前，赋予澳门各个法院完全及专属之审判权的葡萄牙第1)8－A/99号共和国总统令却明确命令，澳门法院自一九九九年六月一日起获授予完全及专属之审判权，但不影响《澳门组织章程》第十一条第一款e项(总督有权提请宪法法院审议澳门立法会发出的任何规定有否违宪或违法)、第二十条第三款（当总督或政务司在任职期间为民事或刑事诉讼的被告时，只能在里斯本法区提起诉讼，但该诉讼非属澳门而属另一法院管辖时，则不在此限。）、第三十条第一款a项（澳门立法会有权监视在当地对宪法规则、澳门组织章程规则及法律的遵守、并提请宪法法院审议总督发出的任何规定有否违宪或违法)及第四十条第三款(如总督不同意颁布是基于有关法规与宪法规则，澳门组织章程规则，或与共和国主权机关发出且系当地本身管理机关不得违反之规定有抵触，但有关法规已被确认时，则应将之送交宪法法院，以便审定有否违宪或违法，而立法会及总督均应依从有关裁判）之规定。所以，澳门法院实际上并未获得上述条款中属于葡萄牙宪法法院的违宪审查权力，即审理总督或立法会提请审议对方所制定的规范性法律文件是否违宪的案件，并进行违宪审查的权力。而依据澳门特别行政区基本法第19条的规定，「澳门原有法律制度和原则对法院审判权所作的限制」在回归后继续保留，这意味着如果对基本法采取限制性解释，澳门法院在回归后就没有抽象性违宪审查权亦即对立法会制定的法律和行政长宫制定的行政法规是否符合基本法进行抽象审查的权力。
需要强调的是，澳门法院的基本法审查权，依据基本法是否存在，与是否应当存在，是两个不同的问题。前者是实然，后者是应然。澳门基本法没有明确规定法院拥有基本法审查权，也没有明确否定这项权力，需要通过对基本法的全面分析来寻找答案，而不能仅仅局限于个别章节或条款。澳门特别行政区基本法第11条第2款规定，「澳门特别行政区的任何法律、法令、行政法规和其它规范性文件，均不得同本法相抵触」。而第17条规定的全国人民代表大会常务委员会的立法审查权一一「发回权」的行使，仅限于「澳门特别行政区立法机关制定的任何法律不符合本法关于中央管理的事务及中央和澳门特别行政区的关系的条款」，至于澳门特别行政区立法机关制定的任何法律，是否符合「本法关于澳门特别行政区自治范围内的条款」的审查权的归属，在基本法上并无明确规定，从落实《澳门特别行政区基本法》第11条第2款的角度考虑，结合澳门特别行政区基本法第143条关于「至国人民代表大会常务委员会授权澳门特别行政区法院在审理案件时对本法关于澳门特别行政区自治范围内的条款自行解释」的规定，似可推理得出如下观点：「澳门特别行政区立法机关制定的任何法律，是否符合本法关于澳门特别行政区自治范围内的条款」的审查权应当属于澳门法院。但是，上述观点并无基本法上的明文依据，亦即属于学理解释上的应然，而不属于实然，也不能认为是通过立法解释就可以当然得出的结论。只有在各方面都能接受的情况下，才可以通过立法解释的途径加以法律化，否则，只能通过修改基本法进行法律化。
至于澳门法院的合宪性具体审查的权力，依据澳门回归前的第20/99/M号法令规定，其审判程序适用「经十一月二十六日第143/85号法律、九月七日第85/89号法律、九月一日第88/95号法律及二月二十六日第13-A/98号法律修改之十一月十五日第28/82号法律」（亦即葡萄牙《宪法法院组织、运行和程序法》，需经作出必要配合才能适用）。但是，该法令被《回归法》所废止，并且根据《回归法》，「原适用于澳门的葡萄牙法律，包括葡萄牙王权机构专为澳门制定的法律，自一九九九年十二月二十日起，在澳门特别行政区停止生效」。这意味着澳门法院在回归后已经没有了进行合宪性具体审查的审判程序规则！如果澳门法院要在具体案件的审理过程中，对系争法律条款是否违反基本法进行具体审查，需要新的立法作为启动诉讼程序的法律依据。
当然，澳门法院在审理案件的过程中，可以对法律、法令、行政法规按照符合基本法相关条款的精神进行解释和适用，并以直接适用基本法条款的方武达到拒绝适用违反基本法的本地下位法的效果。但是，这种做法必须在个案审判中采取，并且必须是有可以直接适用的基本法具体条款，而未得到适用的下位法的形武法律效力仍然存在，不是因此无效。由于澳门并无判例法传统，所以法院的判决仅针对当事案件有效而不能成为有普遍拘束力的判例，法院在此后的判决可以参考在先的判决的法理，但性质不同。
就法理而言，行政长宫制定行政法规的权力来自基本法而非澳门本地法律，但基本法并未明确规定澳门特别行政区立法机关制定的「法律」与「行政法规」之间的效力位阶和效力来源关系。为了解决这一问题，澳门特别行政区立法会制定了《关于订定内部规范的法律制度》，按照法律保留原则，区分了法律和行政法规的规制范畴。使得法院在处理相关案件时，有适用依据。但是，在此之前，澳门终审法院第28/2006号判决书的理由则存在一定疑问，因为在全国人大常委会就此无基本法解释的情况下，澳门法院直至终审法院是否有权力加以解释及是否适宜解释是两个不同的问题。根据澳门基本法第143条，全国人大常委会授权澳门特别行政区法院在审理案件时对基本法关于澳门特别行政区自治范围内的条款自行解释，而对于特别行政区自治范围以外的条款（即其它条款可总结为中央事权条款及中央与特别行政区关系条款）也可解释，但如解释影响到案件的判决，在对该案件作出不可上诉的终局裁决前，应由澳门特别行政区终审提请人大常委会作出解释。况且，即便相关事项属于自治范围内事务也会因立法权与行政立法权之间的关系而更应列入「政治问题」之列，不宜由法院解决。
来源：中国宪政网