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关于立法目的，2005年的《国务院关于落实科学发展观加强环境保护的决定》确立了“经济、社会发展应当与环境保护相协调”的环境法基本原则，而草案第1条（立法目的）和基本原则的规定中均没有体现这一点，建议在第1条之中加上“使经济、社会的发展与水环境的保护相适应”的目的。
关于的适用范围，草案第2条规定：“海洋污染防治另由法律规定，不适用本法。”该规定不合法律逻辑，因为《水污染防治法》也属于法律，建议改为“海洋污染防治不适用本法，另由他法规定”。另外，应当借鉴美国、加拿大等国家成熟的做法，把改变水体温度的行为，也视为水污染排放行为，这样，可以积极地改善水生态。改变水体温度的行为既包括向水体直接排放含热废水的行为，还包括改变水体温度的行为（如水电站的排水行为），而草案在第二个方面缺乏规范，不能不说是一个遗憾。建议把第44条之中的“含热废水”改为“向水体排放含热废水，或者改变水体的温度……。”
关于基本概念，在国际上，水污染排放行为既包括水污染物的排放行为，还包括向水体排放能量、噪音及直接水体中进行的改变水环境特性的行为。而能量、噪音和改变水环境特性的行动不属于传统的物质。基于此，草案第87条规定的“水污染”的概念需要改动，应当把“水污染，是指水体因某种物质的介入，而导致其化学化学、物理或者放射性等方面特性的改变”改为“水污染，是指水体因某种物质、行为或者能量的介入，而导致其化学化学、物理或者放射性等方面特性的改变。”
关于基本原则，国外已经在水污染防治领域发展起了“谨慎原则”、“公众参与原则”、“科学原则”、“合作原则”等基本原则。而草案第3条规定的原则已经不适应水环境保护的新需要，应当借鉴国外的做法，改为“水污染防治应当遵循科学性和适当性原则，即以损害预防和风险预防为主，防治结合，注重污染防治措施的整体性、全过程性及与水环境保护相需要的原则；水污染的防治还应当遵循政府主导、市场调控、企业履行责任和公民参与相结合的原则。”
关于公民的水环境保护权利，草案第7条第2款太过狭窄，仅限于给已经遭受水污染损害后果的以以法律救济，对那些可能处于环境污染危险或者风险的单位和个人，该条并没有规定救济措施。
关于政府和政府部门的职责，草案第13条规定了工业结构布局的合理规划问题，但是现在的一些规划是老规划，一些设备落后的老企业现实地存在着，对居民区和大江大河构成大气污染和水污染威胁。基于此，建议把企业的水环境风险定期和不定期排查及环境影响后评价，纳入第13条之中。
关于排污许可制度，草案第18条第2款存在以下两个问题，需要解决，一是“工业废水”、“有毒有害物质”的定义或者范围要明确，二是应当把排污许可证制度的适用范围适当扩充，明确把对环境危害日益增大的餐饮业、洗车业、洗涤业等服务业也纳入进来。
关于水源的污染应急问题，在实践中，环保部门下达的紧急命令，一些利欲熏心的企业不一定服从，只有让公安和武警等强力部门协助，才能及时地把人民群众的损失降到最低，把环境的损失降到最低，故草案第32条之中应当纳入公安和武警部队的职责。
关于农业面源的污染控制问题，草案应当把实践中的一些成熟作法固定化。如大连市在2000年就规定，沿海周围一定距离，不得种植需要喷洒农药和需要大量化肥的农作物品种。虽然这是海洋环境保护的实践，对于淡水污染的防治，也具有重要的借鉴意义。建议在草案第48条和第49条之中规定，在河流湖泊周围一定距离，不得种植需要批示农药和需要大量化肥的农作物品种。
关于污染应急，要履行国务院有关应急预案规定的职责，建议把草案第61条规定的水环境污染的应急指挥机构，由临时性的机构变成由兼职和专职人员共同组成的常设机构。该条还应当吸收《国务院关于落实科学发展观加强环境保护的决定》的做法，设立分级指挥的规定，明确各级环保部门和政府的应急指挥职责。
关于法律责任，应当在以下四个方面作进一步完善：一是为了从市场方面惩罚违法者，建议在草案第68条第3款之中规定“政府和其他公共机构不得采购违法企业的产品和服务”。二是对于行为犯，草案第69条和其他相关条，应当规定多次违法加重处罚和屡教不改加重处罚的责任，在必要的时候，可以建立按违法次数或者违法天数计算罚款的制度。三是虽然第73条第2款授予县级以上人民政府以“强行拆除”违法排污口的权利，不可避免地会遇到一些以前政府强制拆迁居民住宅所引发的社会抵触情况。为此，建议把“强行拆除”的申请主体、实施主体和实施程序规定清楚。四是应当把“区域限批”、“流域限批”的制裁措施落实到“法律责任”部分之中。五是建议设立强制环境污染保险或者设立污染损害赔偿基金的规定。
此外，在执法机制之中，草案没有体现执法机关之间的信息共享和执法联动的内容，建议完善。