一、无罪推定原则的修改。我国1996年修改刑事诉讼法所确定的第12条的内容，是此前刑事诉讼法所没有的，规定这一内容是一个进步。第一，该规定确定了只有经过法院的裁判，才能确定一个人有罪，其他机关没有这个职权，这体现了无罪推定原则的精神。第二，为了体现或者贯彻落实第12条规定所反映出的无罪推定的精神，刑事诉讼法第162条第2项，还专门规定了对指控证据不足的应当作出无罪判决的要求，也就是疑罪从无。这也是无罪推定原则精神的反映。但这个规定只是一个有限的进步，因为这是以认为无罪推定与有罪推定都是错误的认识为前提的。由于我们对于无罪推定原则的基本精神缺乏正确而充分的认识，我们的立法和司法实践在很多方面没有真正地、完全地贯彻无罪推定原则。类似于佘祥林的案件是其典型表现。因此，我国刑事诉讼法对无罪推定应当按照国际人权公约的规定予以修改完善。明确规定无罪推定原则之后，在修改刑事诉讼法的其它各章节时，应当贯彻无罪推定原则的各项具体要求。

二、公、检、法三机关之关系原则需要废除。与原来刑事诉讼中公、检、法三家是一家的观念相比，公、检、法三机关在刑事诉讼中分工负责，互相配合，互相制约的原则是一个进步。但该原则并没有摆脱公、检、法三家仍然是一家的观念，即：他们肩负着共同的任务，只是分工上有区别而已。而且，按照该原则，只有三机关之间才会有平等的关系，才会有相互配合和制约的问题，至于三机关之外的，都不是可以相提并论的诉讼主体了，或者说只不过是刑事诉讼主体中的另类而已。三机关合力来对付被刑事追诉之人的观念与现代刑事诉讼的基本理念不相吻合。按照联合国人权公约所体现的现代刑事诉讼的三机关关系的基本理念，同为控诉性质的机关，公安机关和检察机关是一家的观念，有其合理性，法庭与控诉机关“并肩作战”，则不符合人权公约的基本理念。此外，三机关之关系原则体现出，刑事被告人在刑事诉讼中并不能确立其可以与控方平等的诉讼主体地位，辩护人难以获得足以和控诉方相抗衡的能力；而按照人权公约的规定，控辩平衡、平等武装是刑事诉讼的基本原则。我认为，现行刑事诉讼法所规定的三机关关系原则应当废除。废除这个原则不仅有利于转变相关的观念，而且对刑事诉讼法修改三机关的相关关系、加强辩护方的作用，均有积极意义。

三、禁止双重危险原则应当确立。我国现行刑事诉讼法未规定这个原则，但人权公约第7条对此作了明确规定：任何人已经依照一个国家的法律和刑事程序被最后定罪或者宣告无罪的，就不得以同一罪名再予审判和惩罚。根据该原则的要求，同一个人因为同一个行为不得遭受两次审判或者惩罚。这就是禁止双重危险的原则。我国的刑事诉讼法所强调的是有错必纠，不论这种错误是什么原因造成的（是由于犯罪造成的，还是其他原因造成的），不论这种错误的性质是什么（是有利于被告人的还是不利于被告人的），而禁止双重危险原则要求的却与此并不相同，该原则所强调的是纠正错误只能在特定情况下可以允许；并且，一般说来，纠正的只能是结果有利于被告人的错误，或者，在严格限制的条件下，对某些基于刑事犯罪而导致的错误，才可予以纠正。我认为，应当在修改刑事诉讼法时确立禁止双重危险原则；同时，也应该根据该原则的精神对我国的刑事再审程序作相应的改造，使其符合禁止双重危险原则所要求的一系列的规范。