东汉瓦解以后，由于世族地主势力强大和周边地区少数民族纷纷涌入中原，阶级矛盾和民族矛盾十分尖锐，国家长期处于分裂和战乱的状态中。军事法律数量多，变化快，缺乏统一性和系统性。
    
    三国时期(220～280)，魏国是三国中最强盛的国家，军事法律颁布也最多。东汉末年，曹操以武力扫平北方群雄，重视以法治军。他曾经制定《军令》、《船战令》、《步战令》等法令，并注意寻明达法理”者主持军中刑狱。《军令》主要内容是关于行军方面的纪律，如规定行军中不得著箭调试弓弩，军吏不得在营中屠杀牲畜货卖，不得砍伐农田果木，还有一些行军中矛戟旗鼓的使用办法。违令的惩罚是鞭、杖、髡翦以徇等。《船战令》是关于水战时部队按照战鼓的指挥进行严装、就位、出发以及保持队形的规定。《步战令》内容较丰富，规定临阵喧哗、擅前后左右、违令不进、一部受敌余部不进救、临战兵弩离阵、无令妄行阵间、临战而退入阵、战不如法、妄呼大声、战阵取牛马衣物等行为皆斩。此令还规定由牙门将、骑督等在战场督战，违令者和怯懦逃卒皆斩之。为了保证兵源，曹操还实行“士亡法”，规定“征军士亡，考竟其妻子”，即将逃亡士卒家属抓来拷问，有时甚至将其处死或罚没入官。曹操重视执法，强调统帅更要遵守法令。有一次行军，他的马不慎跑入麦田，依军令，践踏麦田者要处死刑。曹操说：“制法而身犯之，何以帅下？然孤为军帅，不可自杀，请自刑。”于是他割发代首传示全军，以示严格执法的决心。曹操重视在军中实行适度的责罚。他曾制定名号侯六等以赏军功，并命令诸将出征，败军者抵罪，失利者免官爵。魏青龙四年(236)，魏国制定新律18篇，其中有很多军事法方面的内容。《留律》有关于乏徭稽留、储峙不办、乏军兴的惩罚；《惊事律》有紧急告警、边境烽燧等内容。律典之外，魏国还制定有《军中令》、《邮驿令》等法规。
    
    蜀汉丞相诸葛亮也以重视以法治军而著称。他曾为蜀国制定《军令》3篇，规范军队行动，并把期会不到、闻鼓不进、唤名不应、却退不斗等各种军人破坏作战行为归结为轻军、慢军、盗军、欺军、背军、乱军、误军7种罪，称为治军七禁，犯者一律处斩。诸葛亮认为持军作战必要严明法治，否则“百万之师无益于用”，行法治的办法是“严赏罚之科”，不偏私、贵责上。街亭一役，蜀军失利，他挥泪斩杀违反主帅军令而败军失地的大将马谡并上表皇帝请求自贬三级，承担战败责任。史称诸葛亮“法令明、赏罚信，士卒用命，赴险而不顾”，因此他指挥下的蜀军有很强的战斗力。吴国承汉旧法，刑罚尤重，但是注意笼络将领，曾经规定：“诸将有重罪三，然后议”，并撤销一度实行过的“督将亡叛杀其妻子”之法。一般将领也注意从严治军，如吕蒙部下私取民笠覆官铠违反了军令，吕蒙不因其为同乡而废法，“垂涕斩之”。蜀吴军中均设有军正专司军刑。
    
    两晋时期(265～420)，西晋制定的法律以律、令、故事为主要形式。律的主要内容是刑法，令和故事是行政法规，违反令和故事的规定就要按律来治罪。晋律共20篇，其中的《擅兴》、《卫宫》、《厩律》诸篇内容大多与军事方面的活动有关。晋令40篇，包括《军法》5篇以及《军吏员》、《选将》、《宫卫》、《军战》、《军水战》等篇。晋律有“乏军兴”、“虚张首级”、“斩首不实”、“诈增虏获”、“后失军期”等军事犯罪的惩罚。《军战》、《军水战》令规定了陆战和水战时的军士装备、作战指挥标志、阵形等内容。《军法》令规定误举或不举烽燧等行为的处罚办法。
    
    东晋时，北方少数民族建立的政权史称十六国。这些政权一般为时较短，统治地区也较小，多数时间处在紧迫的战争环境中，因此法令多变，治军繁苛。他们常以严法索要军需，如后赵石虎曾规定百姓按人出车、马、牛、米、绢等军赋，“不办者斩”；“禁畜私马，敢匿者斩”。有些地处边疆的政权(如北凉)还强制县、乡点阅民人从军作战，对“逋不从征，不具弓箭，不遂部伍，慢乏兵事”的行为处以髡、鞭、杖等惩罚。在比较平和的环境中，汉化较深的政权也注意军法简约，如后秦姚兴就曾下令“依孙吴誓众之法以损益之”，来代替过于繁苛的军令。
    
    南北朝时期(420～589)，南朝宋、齐两代基本上沿用晋朝的法律，少有变动。梁时曾撰令30篇，其中有《宫卫》、《选将》、《军吏》、《军赏》等篇。陈朝也曾进行过修律活动。南朝统治者重视用罪犯补兵办法保证兵源。宋孝武帝时“更为严科，诏士族杂婚，皆补将吏，避役必斩”；还规定，民杀长吏者，除本人终身监禁外，“家口补兵”；主守自盗10匹、平常人盗40匹，“降以补兵”；甚至对于劫贼要“同籍期亲补兵”。梁律规定“劫身皆斩，妻子补兵”。服兵役成了仅次于死刑的一种惩罚措施。宋朝代东晋而立，实行亲王领兵分镇制，但很重视兵权控制。宋孝武帝(454～464)立制规定地方将领必须接到皇帝手诏，才能动民兴军，只有在“边隅外警及奸衅内发、变起仓卒”时才能机动行事。南朝法律重军人之罚。陈武帝永定年间(557～559)规定“军人若有恐胁侵掠者，皆以劫论”。陈宣帝太建年间(569～582)曾诏令蠲除苛法，“民罪无轻重，悉皆原宥，将帅职司军人犯法，自依常科”。
    
    北朝的魏、齐、周三代均为鲜卑人建立的政权，其军事法具有浓厚的原始部族色彩。鲜卑人初入中原时部落组织犹存，“每以军令从事”，部民“多违命得罪，死者以万数”。逢军事行动，“后期者皆举部戮之”。北魏统一中原以后，仿效汉魏制定了律典，其中有宫卫、厩牧、擅兴等军事方面的篇章和临军征讨而逗留不赴、军还先归、征戍逃亡、后军期、擅兴事役等罪名。北齐、北周的法律与北魏大体一致。他们虽然制定了法律，但是以军法治理平民之事还是经常发生，如北齐文宣帝高洋(550～559)在城东马射，“敕京师妇女悉赴观，不观者罪以军法”。